Μετά την απελευθέρωση της Αραβοκρατούμενης Κρήτης από το Νικηφόρο Φωκά το 961 μ.Χ., παρατηρήθηκε μια περίοδος πολιτισμικής αναγέννησης, γεγονός που αντανακλάται στα μνημεία της εποχής και η οποία συνεχίστηκε με εντονότερους ρυθμούς στα χρόνια της Ενετοκρατίας. Αυτήν την περίοδο ιδρύθηκαν τα περισσότερα μεγάλα και μικρά μοναστήρια, που συναντάμε σήμερα στην Κρήτη. Εκτός από τις λατρευτικές ανάγκες που υπηρετούσαν, τα περισσότερα από αυτά, διαδραμάτισαν σπουδαίο ρόλο κατά τη διάρκεια των μεγάλων αγώνων των Κρητικών για ελευθερία, κυρίως μετά την κατάκτηση της Κρήτης από τους Οθωμανούς ως και την απελευθέρωση.
Οι Χριστιανοί επαναστάτες δεν είχαν άλλα καταφύγια για να οργανώσουν τις πολεμικές τους επιχειρήσεις. Οι Οθωμανοί, γνωρίζοντας την υποστηρικτική δράση των μοναχών στους Χριστιανούς πολεμιστές, ισοπέδωσαν, κατέκαψαν και λεηλάτησαν τα μοναστήρια που λειτουργούσαν ως επαναστατικές εστίες. Ακόμη και σήμερα, προκαλεί δέος η ιστορία του ολοκαυτώματος της μονής Αρκαδίου το 1866 και η ηρωική απόφαση των πολιορκουμένων Χριστιανών να ανατινάξουν την πυριτιδαποθήκη. για να μην πέσουν στα χέρια των Οθωμανών. Αντίστοιχες ιστορίες έχουν να διηγηθούν σχεδόν όλα τα μοναστήρια της εποχής.
Μονή Αγίων Θεοδώρων στο Ηράκλειο 
Το Ιερό ησυχαστήριον Αγίων Θεοδώρων βρίσκεται στο δρόμο που οδηγεί στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Ηρακλείου. Είναι νεώτερη μονή που ιδρύθηκε από τον Τιμόθεο Τζαννή περί το 1980.
Η μονή Κρεμαστών ή Κρεμαστής βρίσκεται νότια της Νεάπολης, πάνω στον δρόμο που οδηγεί στο χωριό Βρύσες και σε μεγάλο ύψος με θέα τη Νεάπολη. Κτισμένη με φρουριακή αρχιτεκτονική σε απότομη και κατάφυτη βουνοπλαγιά του όρους Καβαλαρά, δίνει την εντύπωση ότι κρέμεται, ένα φαινόμενο στο οποίο οφείλει το όνομα της.
Η Μονή του Αγιασμένου βρίσκεται 2km βόρεια της Ιεράπετρας, κοντά στον κεντρικό δρόμο που συνδέει την πόλη με τη Παχειά Άμμο. Ο ναός του μοναστηριού είναι αφιερωμένος στους Αγίους Πάντες και εδώ βρισκόταν στα τέλη του 19ου αιώνα η οικία του Επισκόπου Ιεράς και Σητείας.
Η μονή της Παναγίας της Φανερωμένης Τράχηλα στη Σητεία βρίσκεται στην άκρη μιας απόκρημνης περιοχής ανάμεσα στο Ακρωτήριο του Τράχηλα και της Μπαμπακιάς, περίπου 1.5km από την θάλασσα και 8km δυτικά της Σητείας. Είναι κτισμένη σε μια καταπράσινη περιοχή μέσα στο μικρό φαράγγι των Αγίων Πάντων, ιδανική για μια εύκολη φυσιολατρική διαδρομή.
Η Μονή του Αγίου Ιωάννη του Καψά βρίσκεται 9km ανατολικά του Μακρύγιαλού, κοντά στον Γούδουρα. Το μοναστήρι είναι μετόχι της μονής Τοπλού κοντά στη Σητεία και είναι αφιερωμένο στην Αποτομή της Τιμίας Κεφαλής του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, που εορτάζει στις 29 Αυγούστου.
Η Μονή Φανερωμένης ή Παναγία Γουρνιών βρίσκεται στην περιοχή Γουρνιά, βορειοδυτικά της Παχειάς Άμμου, 24km νότια του Αγίου Νικολάου. Είναι ανδρική μονή κτισμένη σε απότομη πλαγιά σε υψόμετρο 540 μέτρων με εκπληκτική θέα στη θάλασσα. Το καθολικό της Μονής είναι κτισμένο μέσα σε μια σπηλιά.
Το μοναστήρι του Άξιον Εστί είναι κτισμένο σε λόφο βόρεια της Ιεράπετρας, σε απόσταση 2km από αυτή. Το ακριβές όνομα της μονής είναι Ιερό Γυναικείο Κοινόβιο Ησυχαστήριο της Αναστάσεως του Κυρίου και της Υπεραγίας Θεοτόκου «Το Άξιόν Εστι».
Η Μονή Τοπλού βρίσκεται στην βορειοανατολικότερη άκρη της Κρήτης, στη βάση του Ακρωτηρίου Σίδερο, 10km ανατολικά της Σητείας και 6km βόρεια του Παλαίκαστρου. Η μονή είναι μια από τις ιστορικότερες μονές της Κρήτης και είναι πολύ γνωστή για την τεράστια περιουσία της που αποτελείται.
