Η μεσογειακή φώκια Μοναχός (επιστ. Monachus monachus) αποτελεί ένα από τα πιο απειλούμενα θηλαστικά του κόσμου, με λίγες εκατοντάδες εναπομείναντα άτομα. Το όνομα της προέρχεται από τις δίπλες που έχει στο λαιμό της που θυμίζει πτυχές σε ράσα μοναχού ή λόγω του ότι ζει μοναχικά.
Η νυφίτσα της Κρήτης (mustela nivalis galinthias) αποτελεί ενδημικό υποείδος της κοινής νυφίτσας, το οποίο βρίσκεται σε όλο το νησί. Στην Κρήτη είναι γνωστό κι ως Καλογιαννού ή καλογυναικάρι, καθώς η άσπρη λουριδωτή κοιλιά της θυμίζει καλόγρια.
Η φάλαινα φυσητήρας (επιστ. Physeter macrocephalus) αποτελεί ένα μοναδικό είδος θηλαστικού που απαντάται σε όλη τη γη. Ειδικά στη Μεσόγειο, τα περισσότερα άτομα του είδους, κάποιες εκατοντάδες, ζουν στα πολύ βαθειά νερά της νότιας Κρήτης (ανοιχτά της Σούγιας).
Η χελώνα Καρέττα (επιστ. Caretta caretta) είναι το σημαντικότερο είδος θαλάσσιας χελώνας της Ελλάδος, το οποίο προστατεύεται αυστηρά από την ελληνική νομοθεσία. Στην Ελλάδα δραστηριοποιούνται δύο οργανώσεις για την θαλάσσια χελώνα, η ΑΡΧΕΛΩΝ και η MEDASSET, οι οποίες πράγματι κάνουν σπουδαίο και αξιέπαινο έργο.
Ο περήφανος Κρητικός αίγαγρος (επιστ. Capra aegagrus creticus), γνωστός κι ως κρι-κρι, αγρίμι ή Κρητικό αγριοκάτσικο είναι ένα ενδημικό υποείδος αγριοκάτσικου και η μοναδική μορφή αιγάγρου στην Ευρώπη. Με βάση τα γενετικά του χαρακτηριστικά, ο Κρητικός αίγαγρος εισήχθη στην Κρήτη σε άγρια μορφή από την Ασία και στη συνέχεια ήρθε σε επαφή με τα ήμερα κατσίκια του νησιού, διατηρώντας όμως πολλά από τα κύρια χαρακτηριστικά των αιγάγρων της Ασίας.
Η Κρητική μυγαλή (επιστ. Crocidura zimmermanni) είναι το μοναδικό ενδημικό θηλαστικό στην Ελλάδα και βρίσκεται μόνο στην Κρήτη, αλλά έχει εκτοπιστεί επικίνδυνα από το εισηγμένο είδος της κηπομυγαλής (επιστ. Crocidura suaveolens). Επίσης, στην Κρήτη απαντάται και το μικρότερο θηλαστικό στον κόσμο, η μικροσκοπική ετρουσκομυγαλή.
Ο χρυσαετός (επιστ. Aquila chrysaetos) ή βιτσίλα είναι το ισχυρότερο αρπακτικό της Ελλάδας, με άνοιγμα φτερούγων 185-220cm και μήκος σώματος 75-90cm. Δυστυχώς το είδος απειλείται με εξαφάνιση, καθώς μόνο λίγα ζευγάρια έχουν απομείνει.