Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Βορεινός Σπήλιος στο Καλό Νερό 
Ένα από τα πολλά σπήλαια στο Καλό Νερό που τραβάνε το ενδιαφέρον του περιηγητή της περιοχής είναι ο Βορεινός Σπήλιος. Ο Βορεινός Σπήλιος βρίσκεται ακριβώς απέναντι από το πολύ παλιό μοναστήρι που κοσμεί την περιοχή, την Παναγία Ζωοδόχο Πηγή στην πλαγιά ανατολικά και ψηλότερα από τον κατάγραφο ναό. Η πρόσβαση στο σπήλαιο δεν είναι ιδιαίτερα δύσκολη και απαιτεί ανάβαση μονάχα 10 λεπτών απόσταση από το μοναστήρι.
Ο Άνω Περιστεράς είναι ένα από τα πολλά υπόγεια ποτάμια της περιοχής του Καρυδίου Σητείας. Βρίσκεται σε υψόμετρο 650μ, έχει μήκος διαδρομών περισσότερα από 5500m και το βάθος του ξεπερνάει τα 220m.
Ναός Αγίας Παρασκευής στο Χουδέτσι 
Στο ψηλότερο σημείο του χωριού Χουδέτσι Πεδιάδος Ηρακλείου στη θέση Μαρολιανά συναντάμε το σπηλαιώδη ναό της Αγίας Παρασκευής.Πρόκειται για ένα πολύ μικρό ναό και με μία σχεδόν τετράγωνη αίθουσα λαξευμένη στο ασβεστολιθικό πέτρωμα της περιοχής.
Κοντά στο μονοπάτι που ενώνει τον Άγιο Ιωάννη με την παραλία του Σαλαμιά και σχεδόν πάνω από τη θάλασσα σχηματίζεται το μεγάλο σπήλαιο της Περιστεράς, που παίρνει το όνομά του από τα περιστέρια που φωλιάζουν μέσα του.
Το σπήλαιο της Πουλίνας έχει σχετικά μικρό άνοιγμα και βρίσκεται σε ένα βαθούλωμα που κάνει το έδαφος στην κορφή του λόφου με αποτέλεσμα αν κάποιος δεν πάει ακριβώς στην είσοδό του να μην μπορεί να το δει. Μπροστά από την είσοδο υπάρχει από αρχαιοτάτων χρόνων πέτρινος αυλόγυρος και περίφραξη που αφήνει μονάχα ένα όμορφο άνοιγμα με δύο πελεκημένες μεγάλες πέτρες να παίζουν το ρόλο της πόρτας.
Το Σπήλαιο Χαϊνόσπηλιος βρίσκεται στις Γούρνες των Λευκών Ορέων, στην περιφέρεια του χωριού Καρές Αποκορώνου. Αποτελεί βάραθρο, στο οποίο έβρισκαν καταφύγιο χαΐνηδες και αντάρτες κατά το παρελθόν. Η πρόσβαση γίνεται με πεζοπορία μισής ώρας από το τις Γούρνες, όπου φτάνει χωματόδρομος από τις Καρές.
Το Σπήλαιο της Φανερωμένης βρίσκεται σε υψόμετρο περίπου 770μ πάνω από το χωριό Αβδού της επαρχίας Πεδιάδος, σε απόκρημνη τοποθεσία με αρκετά δύσκολη πρόσβαση. Το σπήλαιο έχει μήκος περίπου 45μ και ύψος που φτάνει τα 9μ, ενώ το πλάτος του κυμαίνεται από 4 έως 12 μέτρα.
Κάτω από την Παλαιά Εθνική Οδό σχηματίζεται η μεγάλη θαλασσοσπηλιά του Κακού Όρους, ένας ιδιαίτερος γεωλογικός σχηματισμός σχετικά άγνωστος στους περισσότερους ντόπιους. Η οροφή της σπηλιάς είναι τρύπια, δημιουργώντας μια εντυπωσιακή πέτρινη καμάρα.
