Ο ναός είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος και φέρει τοιχογραφίες του 13ου αιώνα με απεικονίσεις από το Ευαγγέλιο (Ανάσταση του Λαζάρου, Βαϊοφόρος και Νιπτήρ, Πλατυτέρα, διάφοροι ιεράρχες και Άγιοι).
Η ακατοίκητη σήμερα μονή της Γρας Κεράς στα Δελιανά Κισάμου είναι αφιερωμένη στο Γενέσιο της Θεοτόκου. Το όνομα Γρα Κερά προέρχεται από την Ιερά Κερά (Παναγιά). Η μονή το 1632 έγινε μετόχι της μονής Γωνιάς Οδηγήτριας στο Κολυμπάρι, όπως αναφέρεται σε σχετικό έγγραφο, άρα υπήρχε ήδη.
Ο μικρός ναός των Αγίου Κωνσταντίνου και Ελένης βρίσκεται δυτικά του Αβδού, στα όρια με το φράγμα Αποσελέμη, όπου έχει διαμορφωθεί ειδικός χώρος με τοιχία για την προστασία του από τα νερά του φράγματος. Είναι μονόχωρος καμαροσκέπαστος ναός που φέρει εξαιρετικές τοιχογραφίες των γνωστών αγιογράφων Μανουήλ και Ιωάννη Φωκά, που θεωρούνται πρόδρομοι της Κρητικής Σχολής.
Πριν να οχυρωθεί η σημερινή νησίδα της Σούδας, το νησάκι φιλοξενούσε το Καθολικό μοναστήρι του Αγ. Νικολάου και γι' αυτό λεγόταν Φραρονήσι (Φράροι ή Φλώροι είναι οι καθολικοί μοναχοί). Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Νικολάου υπάρχει ακόμη στο νησί και είναι επισκέψιμος.
Ο Γαρίπας Κυδωνίας Χανίων πέρα από την φυσική ομορφιά που διαθέτει κρύβει και 2 ερειπωμένες σήμερα κατάγραφες βυζαντινές εκκλησίες. Μία από αυτές είναι ο δίκλιτος ναός του Αγίου Γεωργίου και του Αγίου Νικολάου που βρίσκεται σχεδόν πάνω στο δρόμο της περιοχής.
Το χωριό Απόστολοι στην Επαρχία Αμαρίου φιλοξενεί πολλές εκκλησίες, από τις οποίες σπουδαιότερη είναι ο ναός του Αγίου Νικολάου στο κοιμητήριο του χωριού. Ο ναός είναι μικρός μονόχωρος, χρονολογείται στον 14ο αιώνα και φέρει τοιχογραφίες σε κακή κατάσταση. Είναι χαρακτηριστικό ότι σχεδόν πάρα πολλά χωριά του Αμαρίου έχουν μια πολύ παλιά εκκλησία αφιερωμένη στον Άγιο Νικόλαο.
Ο σημερινός μικρός ναός της Παναγίας της Θεοτόκου στην Αγιά είναι κτισμένος στο πλάι της μεγάλης τρίκλιτης Βασιλικής του 5ου αιώνα, η οποία ήταν η έδρα της Επισκοπής Κυδωνίας και Αποκορώνου. Ο ναός μετασκευάσθηκε τον 10ο-11ο αιώνα, μετά από καταστροφή που πιθανώς υπέστη από τους Άραβες, αλλά σήμερα η στέγη έχει καταρρεύσει. Τα κλίτη χωρίζονται από κιονοστοιχίες και υπάρχει ημικυκλική αψίδα στο μεσαίο κλίτος.
Ο ναός του Αγίου Παύλου, ο οποίος δίνει το όνομά στο ομώνυμο χωριό της επαρχίας Αποκορώνου, κοντά στο Γαβαλοχώρι χρονολογείται στον 16ο αιώνα. Έχει αποκατασταθεί και στο εσωτερικό του δε σώζονται τοιχογραφίες. Στο χώρο έχει εντοπιστεί νεκροταφείο του 12ου αιώνα, γεγονός που υποδεικνύει ότι υπήρχε παλαιότερος ναός. Στο εσωτερικό υπάρχει σταυρός που φέρει την χρονολογία 1886.