Το χωριό Άγιος Μύρων παίρνει το όνομα του από το ναό του Αγίου Μύρωνα, μέσα στον οποίο υπάρχει ο τάφος και τα λείψανα του Αγίου Μύρωνα του Κρητικού, που λένε ότι ευωδιάζουν μύρο. Κάτω από το ναό υπάρχει η σκήτη που έζησε ο Άγιος Μύρωνας, η οποία έχει διαμορφωθεί σε παρεκκλήσι.
Ο ναός του Αγίου Γεωργίου βρίσκεται στην Άνω Σύμη της Ιεράπετρας. Η εκκλησία με τις υπέροχες τοιχογραφίες του Μανουήλ Φωκά (1453) ήταν αρχικά μονόχωρη και προστέθηκε αργότερα εγκάρσιος νάρθηκας.
Η μονή της Παναγίας Ντελιγαρά, Λυγαριάς ή Λυγαριώτισσας λειτουργούσε στο σημείο που βρίσκεται σήμερα η εκκλησία της Παναγίας στην παραλία της Λυγαριάς, που πήρε το όνομα της από το φυτό λυγαριά που πράγματι αφθονεί στην περιοχή.
Ο Άγιος Κήρυκος ή Άη Κήρκος (Κύρκος) βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο της Λισσού. Είναι μικρός μονόχωρος ναός που έχει κτιστεί στη θέση Παλαιοχριστιανικής Βασιλικής, όπως και ο κοντινός ναός της Παναγιάς, και δίνει το όνομα του σε όλη την κοιλάδα. Είναι καμαροσκέπαστος Βυζαντινός ναός με μισοκατεστραμμένες τοιχογραφίες, από τις οποίες έχουν διασωθεί οι χρονολογίες 1436, 1437 και 1439.
Ο ναός του Αγίου Ιωάννη Θεολόγου και Αγίου Νικολάου είναι κτισμένος στην είσοδο του χωριού Στύλος. Πρόκειται για ένα συγκρότημα από τρία κτίσματα, που χρονολογούνται από το 13ο-15ο αιώνα και διασώζουν αποσπασματικά τοιχογραφικό διάκοσμο του 13ου, 14ου και 15ου αιώνα.
Η εκκλησία της Παναγίας στο Θέρισο Χανίων βρίσκεται κάτω από ένα τεράστιο πλάτανο της πλατείας του χωριού και δίπλα στο άγαλμα του Ελευθερίου Βενιζέλου. Στο χώρο υπάρχει ο τάφος του ήρωα Στέφανου Χάλη, οπλαρχηγού της περιόδου 1820-1822, ο οποίος σκοτώθηκε στη μάχη στη θέση Αλιάκες στις 25 Ιουλίου 1822.
Ένα από τα σημαντικότερα βυζαντινά μνημεία είναι η Παναγία η Κερά που βρίσκεται στην έξοδο του φαραγγιού της Σαμαριάς, στη θέση που πιθανώς υπήρχε ναός της πόλης Τάρρα (1ος αιώνας μ.Χ.). Ο πρώτος ναός ήταν τρίκλιτη βασιλική και σήμερα αυτό που βλέπουμε είναι η Βυζαντινή εκκλησία που κτίστηκε στη θέση της παλαιότερης.