Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Ψυχρού (Δικταίο Άντρο) 
Το επιβλητικό σπήλαιο του Δία, το Δικταίον Άντρον, βρίσκεται σε απόσταση 15΄ ανάβασης από το χωριό Ψυχρό του Οροπεδίου Λασιθίου, σε υψόμετρο 1025μ. Στο Ψυχρό υπάρχει άνετος χώρος στάθμευσης με πολλά εστιατόρια, από τον οποίο ξεκινούν δύο μονοπάτια για το σπήλαιο. Το ευκολότερο μονοπάτι είναι αυτό στα αριστερά, καθώς στο δεύτερο (και πιο παλιό) οι πέτρες έχουν φθαρεί από τους χιλιάδες τουρίστες και γλιστράνε.
Το Ιδαίο Άντρο βρίσκεται στις ανατολικές παρειές του όρους Ίδη (Ψηλορείτης), στο οροπέδιο της Νίδας. Το σπήλαιο απέχει 24km από τα Ανώγεια Μυλοποτάμου και 78 km από το Ρέθυμνο. Το σπήλαιο δεν έχει ιδιαίτερη γεωλογική αξία, αλλά έχει τεράστια μυθολογική και πολιτισμική αξία, καθώς ήταν το σπήλαιο που σύμφωνα με το μύθο μεγάλωσε ο μεγαλύτερος θεός της αρχαιότητας, ο Δίας.
Ο Νεραϊδόσπηλιος των Αστρακών βρίσκεται περίπου 23 χλμ απ’ το Ηράκλειο, δίπλα στο ομώνυμο χωριό και κοντά στο χωριό Μυρτιά. Είναι ένα μικρό διώροφο σπήλαιο στο Αστρακιανό φαράγγι. Κατά τον αρχαιολόγο Paul Faure αποτελούσε το ιερό της Τριτογένειας Αθηνάς, που είχε το επίθετο αυτό από το αρχαίο όνομα του ποταμού Κρατερού, που ήταν Τρίτων.
Η Σπηλιά του Μελιδονίου βρίσκεται περίπου 1.800μ. βορειοδυτικά του ομώνυμου χωριού του ορεινού Μυλοπόταμου, σε υψόμετρο 220μ. στη νότια πλευρά του όρους Κουλούκωνα. Ο Γεροντόσπηλιος, όπως λέγεται κι αλλιώς, παρουσιάζει ενδιαφέρον εξαιτίας των αρχαιολογικών του ευρημάτων. Επίσης, το σπήλαιο έχει διαδραματίσει ένα τραγικό ρόλο στην ιστορία της επάναστασης των Κρητών κατά των Οθωμανών.
Το σπήλαιο της Αγίας Παρασκευής βρίσκεται βορειοδυτικά του χωριού Σκοτεινό και η είσοδός του οποίου βρίσκεται σε υψόμετρο 225μ. Στο σπήλαιο αυτό λατρευόταν η θεά Άρτεμις με την επωνυμία Βριτομάρτις.
Το Σπήλαιο Ζωνιανών, Σφεντόνη ή του Σφεντόνη η Τρύπα, βρίσκεται 1km βορειοανατολικά των Ζωνιανών Μυλοποτάμου, περίπου 43km από το Ηράκλειο και 52 από το Ρέθυμνο. Αναπτύσσεται στις νότιες παρειές του λόφου Χαλέπα, σε υψόμετρο 630μ. Το σπήλαιο είναι προσβάσιμο και είναι το πιο όμορφο σπήλαιο της Κρήτης και ένα από τα ομορφότερα στην Ελλάδα, με πλούσιο σταλακτιτικό και σταλαγμιτικό διάκοσμο. Ανήκει στο Φυσικό Πάρκο Ψηλορείτη.
Το Σπήλαιο Λαβύρινθος βρίσκεται 50χλμ νότια του Ηρακλείου, σε ένα μικρό λόφο 3,5km βόρεια του Καστελίου Μεσαράς. Ήταν ένα τεράστιο τεχνητό σπήλαιο με δαιδαλώδεις διαδρόμους μήκους μεγαλύτερους των 2.5km και δωμάτια που δεν οδηγούσαν πουθενά, το οποίο αποτέλεσε λατομείο για την εξόρυξη των λίθων που χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή του μινωικού ανακτόρου της Φαιστού, της μινωικής έπαυλης της Αγίας Τριάδας, της ρωμαϊκής πόλης Γόρτυνας, κα.
Στην περιοχή Δρέπανο του Ακρωτηρίου στο νομό Χανίων και έξω από τον κόλπο της Σούδας, βρίσκεται το υποθαλάσσιο σπήλαιο των Ελεφάντων. Το σπήλαιο ανακαλύφθηκε μόλις το 1999 από ένα ψαροτουφεκά. Αμέσως, η Εφορεία Παλαιοανθρωπολογίας και Σπηλαιολογίας, οργάνωσε την πρώτη αποστολή εξερεύνησης του σπηλαίου στις 31 Μαρτίου 2000. Τα ευρήματα ήταν φανταστικά, καθώς εκτός από την εκπληκτική ομορφιά του σπηλαίου, βρέθηκαν σε αυτό οστά ελεφάντων.
