Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Πολύφημου 
Το σπήλαιο του Κύκλωπα Πολύφημου βρίσκεται ανάμεσα στη Σούγια και στο Κουστογέρακο. Η σπηλιά δεν έχει ενδιαφέρον διάκοσμο, εκτός από ένα μαρμάρινο σχηματισμό που θυμίζει θρόνο. Η είσοδος χωρίζεται στα δύο από μεγάλο βράχο, όπως αυτή που έβαλε ο Οδυσσέας στη σπηλιά του ανθρωποφάγου μονόφθαλμου Πολύφημου. Αμέσως μετά τον τύφλωσε και συνέχισε το ταξίδι στην Ιθάκη.
Στην βόρεια είσοδο του οροπεδίου του Ομαλού Χανίων συναντάμε το επιβλητικό σπηλαιοβάραθρο του Τζανή ή Καταβόθρα ή Χώνο. Ο Σπήλιος του Τζανή όπως λέγεται από τους ντόπιους είναι ένα από τα μεγαλύτερα βάραθρα της Ελλάδας με συνολικό μήκος διαδρομών περίπου 3000 μέτρα στο εσωτερικό της γης ενώ ακόμα δεν έχει τελειώσει η πλήρης εξερεύνηση και χαρτογράφησή του.
Ο Χαϊνόσπηλιος βρίσκεται στη θέση Συκιά, 200 μέτρα έξω από τον οικισμό Καμαράκι. Το σπήλαιο ονομάζεται και Μαρμαρόσπηλιος, ενώ πολλοί ντόπιοι το γνωρίζουν ως «Λαβύρινθο». Είναι ένα μακρόστενο σπήλαιο με μορφή γαλαρίας που αποτελεί τμήμα της κοίτης παλαιού υπόγειου ποταμού.
Ο Γουμενόσπηλιος είναι ένα μικρό σπήλαιο που βρίσκεται μέσα στο Αγιοφάραγγο, περίπου 80km νότια του Ηρακλείου. Η είσοδος του είναι πολύ μικρή, αλλά μέσα μεγαλώνει και η οροφή έχει μια τρύπα από όπου μπαίνει το φως, θυμίζοντας θολωτό τάφο. Το σπήλαιο δεν έχει διάκοσμο, αλλά παρόλα αυτά είναι ιστορικό.
Το Σπήλαιο Λαβυρινθάκι βρίσκεται 50km νότια του Ηρακλείου, σε ένα μικρό λόφο μεταξύ Πλουτής και Μορονίου. Είναι ένα μικρό αρχαίο λατομείο, με μια αίθουσα περίπου 300μ2, ενώ το ύψος σε κάποιο σημείο φτάνει τα 4μ. Περιλαμβάνει πολλές κολώνες για τη στήριξη της οροφής του.
Το σπήλαιο της Κρυονερίδας βρίσκεται στη χαράδρα Λαγγός, νοτιοδυτικά από το χωριό Βαφές, σε υψόμετρο 230μ.. Το σπήλαιο δεν έχει ιδιαίτερη σπηλαιολογική αξία, αλλά έχει τεράστια ιστορική σημασία, καθώς εδώ βρήκαν τραγικό θάνατο οι κάτοικοι του χωριού Βαφές το 1821.
Το σπήλαιο του Κουρνά βρίσκεται στη θέση Κερατιδέ, δυτικά του χωριού Κουρνάς, και είναι από τα πιο όμορφα σπήλαιο των Χανίων. Η κάθοδος στον κυρίως χώρο είναι λίγο δύσκολη, αλλά ο πλούσιος σπηλαιοδιάκοσμος με τις όμορφες αποχρώσεις και συνθέσεις θα σας αποζημιώσει.
Το σπήλαιο του Αρκαλοχωρίου, γνωστό κι ως Ιερό Σπήλαιο, βρίσκεται νοτιοδυτικά του ομώνυμου χωριού και συγκεκριμένα στη νοτιοδυτική κλίτη του λόφου του Προφήτη Ηλία, σε υψόμετρο περίπου 400 μέτρα από τη θάλασσα.
