Η Κρήτη ήταν η γενέτειρα του πρώτου Ευρωπαϊκού Πολιτισμού, του Μινωικού, που ήκμασε μεταξύ 3000 π.Χ. και 1200 π.Χ. κυρίως στην Κεντρική και Ανατολική Κρήτη. Ακόμη και σήμερα, τα επιβλητικά ανάκτορα της Κνωσού, της Φαιστού, των Μαλίων, της Ζάκρου, της Τυλίσου, των Αρχανών, του Μοναστηρακίου, του Γαλατά, της Κυδωνίας και οι πολυτελείς επαύλεις στην Αγία Τριάδα, στη Ζώμινθο, στην Αμνισό, στο Μακρύγιαλο, στο Βαθύπετρο, στο Νεροκούρο αντανακλούν τη λαμπρότητα του μινωικού πολιτισμού μέσα από τα αριστουργήματα της αρχιτεκτονικής, της αγγειοπλαστικής, της αργυροχρυσοχοΐας και της ζωγραφικής.
Ο μινωικός στόλος, ο ισχυρότερος στόλος στον τότε γνωστό κόσμο, όπως αποδεικνύουν τα διάφορα ευρήματα σε όλη τη Μεσόγειο, έφερε πλούτο στην Κρήτη από το εμπόριο του πασίγνωστου τότε κρητικού κυπαρισσιού και των αγροτικών προϊόντων. Καράβια κατασκευασμένα σε μεγάλα ναυπηγεία, όπως το ναυπηγείο των Αγίων Θεοδώρων στο Βαθειανό Κάμπο, απέπλεαν φορτωμένα με ξυλεία, μέλι, κρασί, αγγεία και λάδι από τα λιμάνια της Ντίας, του Κατσαμπά, του Κομού, της Ζάκρου, της Ψείρας, του Μόχλους, της Νίρου, του Πετρά προς όλες τις κατευθύνσεις της Μεσογείου και πιθανώς ως και τη Σκανδιναβία.
Οι γυναίκες ήταν ισότιμες με τους άντρες και έπαιρναν μέρος στις θρησκευτικές τελετές, στα αγωνίσματα, στο κυνήγι, στο θέατρο, στο χορό, κλπ. Αριστουργήματα οικοδομικής αρχιτεκτονικής, ζωγραφικής, γλυπτικής και αργυροχρυσοχοΐας εξακολουθούν να εμπνέουν ακόμη και το σύγχρονο πολιτισμό. Μέρος του πολιτισμού ήταν η γραφή της Γραμμικής Α και αργότερα η Γραμμική Β, που κατέγραφε την Ελληνική Γλώσσα. Ακόμη και σήμερα, ο δίσκος της Φαιστού αποτελεί ένα από τα γνωστότερα μυστήρια της αρχαιολογίας, αφού η αποκρυπτογράφηση των σημείων του παραμένει ένας γρίφος.
Η λατρεία της Θεάς Μητέρας κυριαρχούσε στη θρησκευτική παράδοση των Μινωιτών, οι οποίοι χρησιμοποιούσαν ως χώρους λατρείας πολλά σπήλαια και τις κορυφές των βουνών. Προσκυνητές, από όλα τα μήκη του νησιού, ανέβαιναν στο ιερό βουνό του Γιούχτα για να αποθέσουν τα αφιερώματά τους, τάματα με επιγραφές μινωικές και πήλινα εδώλια, στο ιερό κορυφής ή στο σπήλαιο του Χωστού Νερού. Ιερά κορυφής υπήρχαν και σε άλλες κορυφές, όπως του Βρύσινα, του Πετσοφά, του Τραόσταλου, της Ζου, του Καρφιού. Εξέχουσα θέση στη λατρεία του Δία είχαν τα σπήλαια του Ψυχρού στο όρος Δίκτη και του Ιδαίου Άντρου και των Καμαρών στον Ψηλορείτη.
Μινωική Έπαυλη Μακρύγιαλου 
Η πολύ ήρεμη περιοχή του Μακρύγιαλου με τις πεδιάδες και την απάνεμη παραλία δε θα μπορούσε να αγνοηθεί από τους Μινωίτες, που άφησαν σημαντικά ίχνη κατοίκησης. Το κυριότερο εύρημα είναι μια αγροτική έπαυλη, μια μικρογραφία ανακτόρου, στην τοποθεσία Πλακάκια, που εντοπίστηκε το 1971 από τον Κώστα Δαβάρα.
Ο μινωικός οικισμός στη θέση Φούρνου Κορυφή βρίσκεται κοντά στο Μύρτος κι αποτελεί εγκατάσταση της προανακτορικής φάσης του μινωικού πολιτισμού. Ο οικισμός ιδρύθηκε πριν το 2500 π.Χ. και είχε βίαιο τέλος πριν το 2100 π.Χ. Ήταν κτισμένος σε λόφο, τειχισμένος και περιλάμβανε εκατό περίπου δωμάτια σε πυκνή διάταξη.
Η αρχαία Ζώμινθος βρίσκεται 7km δυτικά των Ανωγείων, πάνω στο δρόμο που οδηγεί στο οροπέδιο της Νίδας. Παρόλο που εντοπίστηκε μόλις το 1982, η Ζώμινθος πλέον αποτελεί μια από τις σημαντικότερες αρχαιολογικές ανακαλύψεις στην Κρήτη, που πολλοί τη συγκρίνουν σε σπουδαιότητα με αυτή της Κνωσού.
Το Μινωικό μέγαρο στο Σκλαβόκαμπο ανακαλύφθηκε τυχαία το 1930, κατά τη κατασκευή του κεντρικού δρόμου προς Ανώγεια και μέρος του καταστράφηκε από τα έργα. Είναι ένα πολυώροφο κτίριο με κεντρική αίθουσα, όπου βρέθηκε πήλινο κεφάλι βοδιού, ένα αγγείο της Υστερομινωικής ΙΒ περιόδου και ένα λίθινο ρυτό. Το κτήριο είχε τουλάχιστον 17 δωμάτια.
Στο δρόμο μεταξύ Σητείας - Πισκοκεφάλου ανασκάφηκε διώροφη μινωική έπαυλη και μπορεί κανείς και σήμερα να δει τα σωζόμενα ερείπια δωματίων, τις σκάλες, τους προστατευτικούς ογκολίθους από το ποτάμι ή τη θάλασσα κ.α.
Στο βραχώδη λόφο Παπούρι Καλόκαμπου που βρίσκεται βορειοανατολικά της παραλίας της Τρυπητής, ψηλά πάνω από την ταβέρνα, έχουν βρεθεί ερείπια ενός πρωτομινωικού οικισμού. Οι πρώτες ανασκαφές έγιναν το 1986-88 από τον Αντώνη Βασιλάκη. Επίσης νοτιότερα βρέθηκε θολωτός τάφος του 2800-2000πΧ.
Ο Κόφινας είναι η ψηλότερη κορυφή στα άγρια Αστερουσία Όρη με υψόμετρο 1231m και παίρνει το όνομα του από το σχήμα του που μοιάζει με ανάποδο κοφίνι. Στην κορυφή του, με τη μοναδική θέα στο Λιβυκό Πέλαγος, σήμερα υπάρχει ο ναός του Τιμίου Σταυρού που εορτάζει στις 14 Σεπτέμβρη.
Ο αρχαιολογικός χώρος του Κομού βρίσκεται 4km δυτικά της Φαιστού, κοντά στα Πιτσίδια και στα Μάταλα. Ο Κομμός (ή Κομός) ήταν μια μικρή μινωική πόλη που ιδρύθηκε το 2000πΧ κι εξυπηρετούσε τις λιμενικές ανάγκες της Φαιστού με την οποία συνδεόταν με δρόμο. Καταστράφηκε πιθανόν από σεισμό το 1700πΧ, αλλά εξακολούθησε να υπάρχει ως και τα ελληνιστικά χρόνια.
