Η Κρήτη ήταν η γενέτειρα του πρώτου Ευρωπαϊκού Πολιτισμού, του Μινωικού, που ήκμασε μεταξύ 3000 π.Χ. και 1200 π.Χ. κυρίως στην Κεντρική και Ανατολική Κρήτη. Ακόμη και σήμερα, τα επιβλητικά ανάκτορα της Κνωσού, της Φαιστού, των Μαλίων, της Ζάκρου, της Τυλίσου, των Αρχανών, του Μοναστηρακίου, του Γαλατά, της Κυδωνίας και οι πολυτελείς επαύλεις στην Αγία Τριάδα, στη Ζώμινθο, στην Αμνισό, στο Μακρύγιαλο, στο Βαθύπετρο, στο Νεροκούρο αντανακλούν τη λαμπρότητα του μινωικού πολιτισμού μέσα από τα αριστουργήματα της αρχιτεκτονικής, της αγγειοπλαστικής, της αργυροχρυσοχοΐας και της ζωγραφικής.
Ο μινωικός στόλος, ο ισχυρότερος στόλος στον τότε γνωστό κόσμο, όπως αποδεικνύουν τα διάφορα ευρήματα σε όλη τη Μεσόγειο, έφερε πλούτο στην Κρήτη από το εμπόριο του πασίγνωστου τότε κρητικού κυπαρισσιού και των αγροτικών προϊόντων. Καράβια κατασκευασμένα σε μεγάλα ναυπηγεία, όπως το ναυπηγείο των Αγίων Θεοδώρων στο Βαθειανό Κάμπο, απέπλεαν φορτωμένα με ξυλεία, μέλι, κρασί, αγγεία και λάδι από τα λιμάνια της Ντίας, του Κατσαμπά, του Κομού, της Ζάκρου, της Ψείρας, του Μόχλους, της Νίρου, του Πετρά προς όλες τις κατευθύνσεις της Μεσογείου και πιθανώς ως και τη Σκανδιναβία.
Οι γυναίκες ήταν ισότιμες με τους άντρες και έπαιρναν μέρος στις θρησκευτικές τελετές, στα αγωνίσματα, στο κυνήγι, στο θέατρο, στο χορό, κλπ. Αριστουργήματα οικοδομικής αρχιτεκτονικής, ζωγραφικής, γλυπτικής και αργυροχρυσοχοΐας εξακολουθούν να εμπνέουν ακόμη και το σύγχρονο πολιτισμό. Μέρος του πολιτισμού ήταν η γραφή της Γραμμικής Α και αργότερα η Γραμμική Β, που κατέγραφε την Ελληνική Γλώσσα. Ακόμη και σήμερα, ο δίσκος της Φαιστού αποτελεί ένα από τα γνωστότερα μυστήρια της αρχαιολογίας, αφού η αποκρυπτογράφηση των σημείων του παραμένει ένας γρίφος.
Η λατρεία της Θεάς Μητέρας κυριαρχούσε στη θρησκευτική παράδοση των Μινωιτών, οι οποίοι χρησιμοποιούσαν ως χώρους λατρείας πολλά σπήλαια και τις κορυφές των βουνών. Προσκυνητές, από όλα τα μήκη του νησιού, ανέβαιναν στο ιερό βουνό του Γιούχτα για να αποθέσουν τα αφιερώματά τους, τάματα με επιγραφές μινωικές και πήλινα εδώλια, στο ιερό κορυφής ή στο σπήλαιο του Χωστού Νερού. Ιερά κορυφής υπήρχαν και σε άλλες κορυφές, όπως του Βρύσινα, του Πετσοφά, του Τραόσταλου, της Ζου, του Καρφιού. Εξέχουσα θέση στη λατρεία του Δία είχαν τα σπήλαια του Ψυχρού στο όρος Δίκτη και του Ιδαίου Άντρου και των Καμαρών στον Ψηλορείτη.
Πρινιάτικος Πύργος 
Ο Πρινιάτικος Πύργος είναι μια μικρή χερσόνησος που χωρίζει τις δύο παραλίες του Αγίου Παντελεήμονα και του Καραβοστάση, πάνω στην οποία έχει εντοπιστεί σημαντικός Μινωικός οικισμός.
Ο μινωικός οικισμός της Βασιλικής βρίσκεται απέναντι από την έξοδο του φαραγγιού του Χα και κοντά στο μινωικό οικισμό Γουρνιά, σε σημείο που ήλεγχε την κοιλάδα της Ιεράπετρας.
Ο αρχαιολογικός χώρος των Γουρνιών βρίσκεται σε μικρό λόφο δυτικά της Παχιάς Άμμου, δίπλα στον δρόμο που συνδέει τον Άγιο Νικόλαο με την Ιεράπετρα, 19km ανατολικά του Αγίου Νικολάου. Η πόλη ήκμασε την μινωική περίοδο και αποτελεί τον πληρέστερα ανεσκαμμένο μινωικό οικισμό στην Κρήτη.
Λίγο ανατολικά πριν το παραθαλάσσιο χωριό Μύρτος Ιεράπετρας, σε ένα χαμηλό λόφο πάνω από την ανατολική όχθη του Κρυγιού Ποταμού (κρύου) βρίσκεται ο όχι τόσο γνωστός Μινωικός οικισμός Πύργος. Σε προνομιακή θέση με θέα στη θάλασσα από νότια και τα δασωμένα βουνά της Δίκτης στα βόρεια του επιλέχτηκε από τους Μινωίτες για εγκατάσταση.
Λίγο έξω από το χωριό Ζου Σητείας έχει ανασκαφεί το 1955-1956 μια μινωική αγρέπαυλη μεγάλων διαστάσεων με πολλά δωμάτια, όπως αναπαυτήρια, εργαστήριο, καθιστικό, κλίβανος, κλπ. Μέρος του χώρου έχει καταστραφεί από τη διάνοιξη του δρόμου.
Μια ιδιαίτερη Μινωική αγροικία με ελλειψοειδές σχήμα έχει εντοπιστεί στη θέση Σουβλωτό Μουρί, κοντά στο Χαμέζι Σητείας. Η αγροικία ανασκάφηκε το 1902 από τον Ξανθουδίδη και το σχήμα της αποτέλεσε αντικείμενο μελέτης από τους αρχαιολόγους.
Ο Μινωικός οικισμός του Πετρά ήταν κτισμένος σε χαμηλό λόφο κοντά στη σημερινή Σητεία. Πιστεύεται από πολλούς ότι εδώ ήταν η αρχαία Ητεία ή Ήτιδα, από όπου καταγόταν ο Μύσωνας, σπουδαίος σοφός της αρχαιότητας.
Στον Παπαδιόκαμπο έχει εντοπιστεί Μινωική οικία ψαράδων και αγροτών εκτάσεως 130τμ, η οποία μας έχει δώσει εξαιρετικά στοιχεία για τη διατροφή των Μινωιτών. Φαίνεται ότι η οικία καταστράφηκε ξαφνικά ενώ μαγείρευαν οι νοικοκυρές Μινωίτισες, οι οποίες ευτυχώς μάλλον κατάφεραν να σωθούν, μένοντας όμως νηστικές. Δεν είχε όμως την ίδια τύχη κι ο σκύλος της οικίας που βρέθηκε πλακωμένος κάτω από τη πεσμένη στέγη.
