Το σπήλαιο Γερανίου είναι από τα σημαντικότερα και ομορφότερα σπήλαια του Νομού Ρεθύμνου αλλά και της Κρήτης ολόκληρης. Βρίσκεται 7 χιλιόμετρα δυτικά του Ρεθύμνου, στην τοποθεσία «Καμάρι» και κοντά στην παραλία του Γερανίου.
Λίγα μέτρα από τα τελευταία σπίτια του χωριού Σαμωνάς, το 1994, κατά τη διάρκεια διάνοιξης δρόμου, ανακαλύφτηκε μικρό σπήλαιο με πολύ πλούσιο διάκοσμο και μικρή λίμνη. Για την κάθοδο στο σπήλαιο χρησιμοποιείται σκάλα.
Η πηγή και το σπήλαιο του Κορμοκόπου βρίσκεται βορειοδυτικά του Άγιου Ιωάννη, στην ανατολική πλευρά του φαραγγιού της Ελυγιάς. Το μονοπάτι από τον Άη χρειάζεται περίπου μιάμιση ώρα, ξεκινάει σαν ένας όμορφος περίπατος μέσα στο δάσος από αιωνόβια πεύκα και κυπαρίσσια, και καταλήγει, σχεδόν ξαφνικά σε ένα τοπίο άγριο και επιβλητικό.
Το σπήλαιο Δόξα βρίσκεται σε υψόμετρο 463m, στη θέση Κακά Πηλά κοντά στο Μάραθος, 20km δυτικά του Ηρακλείου. Είναι ένα μικρό αλλά γνωστό σπήλαιο, το οποίο έχει πάρα πολύ εντυπωσιακό σπηλαιοδιάκοσμο διαφόρων χρωμάτων και μορφών.
Το σπήλαιο της Μαριάς βρίσκεται δυτικά-νοτιοδυτικά των Μαλίων σε υψόμετρο 106 μ. πάνω στο μονοπάτι που οδηγεί από τα Μάλια στο Μοχό. Το γεγονός αυτό έχει αυξήσει την επισκεψιμότητα του σπηλαίου με αποτέλεσμα να έχει υποστεί μεγάλες φθορές από βανδαλισμούς στα σταλαγμιτικά του.
Η Νεραϊδογούλα βρίσκεται σε υψόμετρο 1209 μ., στην κοίτη του ρέματος Λιναράς στο δάσος του Σελάκανου. Ο εντοπισμός της εισόδου της είναι λίγο δύσκολος, παρόλο που υπάρχουν μερικές πινακίδες, καθώς είναι πολύ μικρή και δεν προϊδεάζει για την ύπαρξη μεγάλου σπηλαίου στο εσωτερικό.
Το σπήλαιο Καμηλάρη είναι ένα εύκολα προσβάσιμο και εντυπωσιακό σπήλαιο του Στρούμπουλα, καθώς βρίσκεται μόλις 200μ από το 13ο χλμ. του παλαιού δρόμου Ηρακλείου – Ρεθύμνου, κοντά στην Τύλισσο και σε υψόμετρο 267μ. Έχει μήκος διαδρομών 200μ, ενώ η είσοδος του έχει πλάτος 10μ και ύψος 4μ.