Η τραχιά μορφολογία της Κρήτης είναι άρρηκτα συνδεδεμένη με την ύπαρξη πολυάριθμων σπηλαίων. Από την προϊστορική εποχή οι άνθρωποι χρησιμοποιούσαν τις σπηλιές, όπως μαρτυρείται στις βραχογραφίες χιλιάδων χρόνων στο σπήλαιο του Ασφένδου. Μάλιστα η σημερινή λατρευτική παράδοση στις σπηλιές της Κρήτης, με την ύπαρξη δεκάδων σπηλαιωδών ναών, αποτελεί μετεξέλιξη της λατρείας των θεών της κάθε εποχής.
Αρχικά στις σπηλιές, οι Μινωίτες, λάτρευαν τους σημαντικότερους θεούς τους, όπως την Ειλειθυία, τη θεά του τοκετού. Αργότερα, τοποθέτησαν τη γέννηση και την ανατροφή του βασιλιά των Θεών, Δία, στο Δικταίο Άντρο και στο Ιδαίο Άντρο, μετατρέποντάς τα σε σπουδαία λατρευτικά κέντρα. Κατά τη Βυζαντινή εποχή, σπηλιές που σύμφωνα με την παράδοση φιλοξένησαν αγίους, όπως οι Άγιοι Παύλος, Γεράσιμος και Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Πολλές σελίδες της κρητικής ιστορίας γράφτηκαν με αίμα στα σπήλαιά της, όπως οι σφαγές των Οθωμανών στα σπήλαια του Μελιδονίου, της Μιλάτου, της Κρυονερίδας και του Τηγανιού στη Γραμβούσα.
Η σπηλαιολογική και οικολογική σημασία πολλών σπηλαίων είναι τεράστια. Επισκέψιμα σπήλαια με πλούσιο διάκοσμο είναι αυτά του Ψυχρού, του Μελιδονίου και του Σφενδόνη στα Ζωνιανά. Εκτός από τα επισκέψιμα σπήλαια με θρησκευτική ή ιστορική αξία, η Κρήτη διαθέτει περισσότερα από 4.500 χαρτογραφημένα σπήλαια – σπηλαιοβάραθρα, στη διάθεση κάθε έμπειρου σπηλαιολόγου να απολαύσει το πλούσιο διάκοσμό τους και τη μοναδική τους πανίδα. Περιοχές που φιλοξενούν μεγάλο αριθμό σπηλαίων, ιδανικές για όσους ασχολούνται με σπηλαιολογία, είναι η περιοχή του όρους Στρούμπουλα στο Ηράκλειο, τα Γεωπάρκα Σητείας και Ψηλορείτη και το Μελιδόνι στα Λευκά Όρη. Μάλιστα, τα τρία βαθύτερα εξερευνημένα σπηλαιοβάραθρα της Ελλάδας βρίσκονται όλα στην Κρήτη.
Σπήλαιο Γερανίου 
Το σπήλαιο Γερανίου είναι από τα σημαντικότερα και ομορφότερα σπήλαια του Νομού Ρεθύμνου αλλά και της Κρήτης ολόκληρης. Βρίσκεται 7 χιλιόμετρα δυτικά του Ρεθύμνου, στην τοποθεσία «Καμάρι» και κοντά στην παραλία του Γερανίου.
Λίγα μέτρα από τα τελευταία σπίτια του χωριού Σαμωνάς, το 1994, κατά τη διάρκεια διάνοιξης δρόμου, ανακαλύφτηκε μικρό σπήλαιο με πολύ πλούσιο διάκοσμο και μικρή λίμνη. Για την κάθοδο στο σπήλαιο χρησιμοποιείται σκάλα.
Η πηγή και το σπήλαιο του Κορμοκόπου βρίσκεται βορειοδυτικά του Άγιου Ιωάννη, στην ανατολική πλευρά του φαραγγιού της Ελυγιάς. Το μονοπάτι από τον Άη χρειάζεται περίπου μιάμιση ώρα, ξεκινάει σαν ένας όμορφος περίπατος μέσα στο δάσος από αιωνόβια πεύκα και κυπαρίσσια, και καταλήγει, σχεδόν ξαφνικά σε ένα τοπίο άγριο και επιβλητικό.
Το σπήλαιο Δόξα βρίσκεται σε υψόμετρο 463m, στη θέση Κακά Πηλά κοντά στο Μάραθος, 20km δυτικά του Ηρακλείου. Είναι ένα μικρό αλλά γνωστό σπήλαιο, το οποίο έχει πάρα πολύ εντυπωσιακό σπηλαιοδιάκοσμο διαφόρων χρωμάτων και μορφών.
Το σπήλαιο της Μαριάς βρίσκεται δυτικά-νοτιοδυτικά των Μαλίων σε υψόμετρο 106 μ. πάνω στο μονοπάτι που οδηγεί από τα Μάλια στο Μοχό. Το γεγονός αυτό έχει αυξήσει την επισκεψιμότητα του σπηλαίου με αποτέλεσμα να έχει υποστεί μεγάλες φθορές από βανδαλισμούς στα σταλαγμιτικά του.
Η Νεραϊδογούλα βρίσκεται σε υψόμετρο 1209 μ., στην κοίτη του ρέματος Λιναράς στο δάσος του Σελάκανου. Ο εντοπισμός της εισόδου της είναι λίγο δύσκολος, παρόλο που υπάρχουν μερικές πινακίδες, καθώς είναι πολύ μικρή και δεν προϊδεάζει για την ύπαρξη μεγάλου σπηλαίου στο εσωτερικό.
Το σπήλαιο Καμηλάρη είναι ένα εύκολα προσβάσιμο και εντυπωσιακό σπήλαιο του Στρούμπουλα, καθώς βρίσκεται μόλις 200μ από το 13ο χλμ. του παλαιού δρόμου Ηρακλείου – Ρεθύμνου, κοντά στην Τύλισσο και σε υψόμετρο 267μ. Έχει μήκος διαδρομών 200μ, ενώ η είσοδος του έχει πλάτος 10μ και ύψος 4μ.
Του «Παλμέτη ο τάφκος» βρίσκεται στη δυτική πλευρά του οροπεδίου του Στρούμπουλα, σε υψόμετρο 498μ., στα βόρεια της κορυφής Ευγασσός. Η είσοδος του σπηλαίου είναι ελλειπτική με διαστάσεις 7 Χ 2μ. και το συνολικό του βάθος είναι στα 35μ. περίπου.
