Κατά τη Σκοτεινή Περίοδο, η διαβίωση σε τόσο δυσπρόσιτες περιοχές ήταν τόσο σκληρή, που σε λίγους αιώνες οι οικισμοί αυτοί ήταν λογικό να παρακμάσουν και να χαθούν. Την ίδια περίοδο, οι Αχαιοί και οι Δωριείς άνοιξαν το δρόμο για την άνθιση του Κλασσικού Ελληνισμού. Εισήχθησαν νέα έθιμα, όπως η χρήση σιδήρου, η καύση των νεκρών και νέοι τρόποι ένδυσης. Η «εκατόπολη» Κρήτη του Ομήρου, άρχισε σιγά σιγά να επανέρχεται στο προσκήνιο, η Κνωσός ισχυροποιείται διοικητικά και αναπτύσσονται νέες εντυπωσιακές πόλεις, όπως η Ιεράπυτνα, η Ίτανος κοντά στο Βάι, η Αξός στην επαρχία Μυλοποτάμου, η Πραισός, η Σίβρυτος, η Δρήρος, η Ριζηνία, ο Τρυπητός, και πολλές άλλες.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, το 69 μ.Χ., πρωτεύουσα του νησιού ορίστηκε η Γόρτυνα, η οποία μάλιστα εξελίχτηκε σε πρωτεύουσα των ρωμαϊκών επαρχιών της Κρήτης και της Κυρηναίας. Η πόλη, όπως μπορεί να δει ακόμη και σήμερα ο επισκέπτης, είχε επιβλητικά συγκροτήματα λουτρών, θέατρα, στάδιο, ιππόδρομο, ακρόπολη και ναούς ενώ λιμάνια της ήταν τα Μάταλα, η Λασαία και η Λεβήνα στο Λέντα. Εκτός από τη Γόρτυνα, πολλές άλλες πόλεις γνώρισαν άνθιση, με τις πιο εντυπωσιακές αρχαιολογικές τοποθεσίες να είναι σήμερα η Ελεύθερνα, η καλά οχυρωμένη Πολυρρήνια, η Ιεράπυτνα, η Λύττος, η Έλυρος, η Άπτερα, η Λάππα, η Ολούς, η Λατώ και η Πριανσός.
Με την ίδρυση κρητικών αποικιών στη Σικελία, στη Μασσαλία και στην Κυρήνη τον 7ο αιώνα π.Χ., το εμπόριο άνθισε ξανά και πολλά λιμάνια ξεπέρασαν σε ισχύ τις πόλεις που εξυπηρετούσαν ως επίνεια. Λιμάνια που μετεξελίχθηκαν τότε σε σημαντικές πόλεις ήταν η Φαλάσαρνα, η Λισσός, η Χερρόνησος, η Λατώ προς Καμάρα (σημερινός Άγιος Νικόλαος), η Ίνατος στον Τσούτσουρα και άλλα.
Η Άφιξη του Χριστιανισμού
Στο ταξίδι του προς τη Ρώμη, ο Άγιος Παύλος σταμάτησε στην Κρήτη και διακήρυξε τον Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, σημάδια της οποίας συναντάμε και σήμερα στα ερημητήρια των Αστερουσίων. Περιοχές από όπου σύμφωνα με την παράδοση πέρασε ο Άγιος Παύλος και ο Όσιος Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν γρήγορα σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ακόμη και σήμερα τα ιερά ερημητήρια των Αστερουσίων και του Ακρωτηρίου Χανίων.
Το νησί έγινε ένα σπουδαίο χριστιανικό κέντρο, όπως αποτυπώνεται στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία, που είναι διάσπαρτα παντού. Οι παλαιοί ναοί του Δωδεκάθεου μετατράπηκαν σε μεγαλοπρεπείς βασιλικές και τα ιερά σπήλαια έγιναν εκκλησίες. Λείψανα των παλαιοχριστιανικών βασιλικών, που ακόμη και σήμερα προκαλούν δέος για το μέγεθός τους, συναντά κανείς διάσπαρτα σε όλο το νησί. Εκτός από τη μεγαλειώδη βασιλική του Αγίου Τίτου στη Μητρόπολη, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και αλλού.
Αρχαία Λύττος 
Η αρχαία Λύκτος ή Λύττος βρίσκεται κοντά στον οικισμό Ξιδάς της Επαρχίας Πεδιάδος. Η πόλη ήταν μια από τις ισχυρότερες της Κρήτης, αιώνιος εχθρός της Κνωσού, και είχε λιμάνι της τη Χερσόνησο.
Η αρχαία Ίτανος υπήρξε μια από τις ισχυρότερες πόλεις της Κρήτης, ειδικά κατά τους Ελληνιστικούς και ελληνορωμαϊκούς χρόνους. Το όνομα της προέρχεται από τον ιδρυτή της Ίτανο, που καταγόταν από την Φοινίκη. Η επικράτεια της στην ακμή της έφτανε από το ακρωτήριο Σαμώνιο.
Η παραλία Μένιες βρίσκεται στη θέση της Αρχαίας Δίκτυννας. Η Δίκτυννα ήταν το σημαντικότερο ιερό της θεάς Βριτομάρτιδος, η οποία έχει συνδυαστεί με τη θεά Άρτεμη, το οποίο δεχόταν πιστούς από όλα τα πλάτη και μήκη του νησιού όντας ένα από τα μεγαλύτερα προσκυνήματα της εποχής.
Το Ιερό Κορυφής που ήταν αφιερωμένο στον Ερμή και την Αφροδίτης βρίσκεται στη θέση Κρύα Βρύση κι απέχει 5 χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Κάτω Σύμης, όντας ο σημαντικότερος αρχαιολογικός χώρος της επαρχίας Βιάννου. Το ιερό ιδρύθηκε περί το 2.000 π. Χ. και η λατρεία συνεχίστηκε μέχρι τα Ρωμαϊκά χρόνια.
Κοντά στον οικισμό Μονή Σελίνου συναντάμε ένα πολύ μυστηριώδες μνημείο, μοναδικό στην Κρήτη. Πρόκειται για μια μικρή κωνοειδή πυραμίδα με περίμετρο 16μ και ύψος 4,60μ., η οποία είναι λαξευτή. Μέσα της υπάρχει λαξευμένο δωμάτιο διαστάσεων 2,20μ x 2,10μ και ύψους 1,40μ.
Σε μια μαγευτική τοποθεσία πάνω στο Όρος Οξά, με απεριόριστη θέα στη λιμνοθάλασσα της Ελούντας, ήταν κτισμένη μια καλά οχυρωμένη πολιτεία που ταυτίζεται με την Αρχαία Νάξο. Ίσως λειτούργησε ως ακρόπολη της Ολούντος.
Τα Μάταλα, το αρχαίο Μάτελον, υπήρξαν επίνειο της Φαιστού και της Γόρτυνας και είναι γνωστά για τις λαξευμένες σπηλιές τους, οι οποίες ήταν τάφοι. Το ακρωτήριο νότια από τα Μάταλα έχει ταυτιστεί με το ακρωτήριο Νύσος και το σημείο που ναυάγησαν τα πλοία του Μενέλαου (Οδύσσεια).
Ο Λέντας είναι ένας απομακρυσμένος παραθαλάσσιος οικισμός που βρίσκεται 74χλμ νότια του Ηρακλείου. Ο οικισμός είναι κτισμένος στην τοποθεσία της Αρχαίας Πόλης Λέβην. Η ονομασία Λέβην πιστεύεται ότι προέρχεται από το φοινικικό Λάβι που σημαίνει Λιοντάρι, καθώς στα δυτικά του χωριού υπάρχει ένα Ακρωτήριο που θυμίζει κεφάλι λιονταριού από μακρυά.
