Στο ακρωτήριο Σούδα, δίπλα στο εικονοστάσι στην παραλία της Αγίας Πελαγίας και ακριβώς από πάνω του σήμερα βλέπουμε μερικά ίχνη από ανασκαφές που έγιναν στο χώρο από τον Στυλιανό Αλεξίου. Στο σημείο αυτό εντοπίστηκε το σημαντικότερο αρχαιολογικό εύρημα της περιοχής που είναι το Πρυτανείο-Ανδρείο της ελληνιστικής πόλης Απολλωνία.
Το μικρό αρχαίο Αφροδίσιον ιερό βρίσκεται κοντά στον οικισμό Λενικά και χρονολογείται στον 10πΧ αιώνα. Στην ίδια θέση ιδρύθηκε τον 2ο π.Χ. αιώνα μεγάλος δίχωρος ναός του Άρεως και της Αφροδίτης, όπως μαρτυρούν επιγραφές που βρέθηκαν εδώ.
Ο αρχαιολογικός χώρος του Τρυπητού βρίσκεται πάνω σε μικρή χερσόνησο, 3km ανατολικά της Σητείας, δίπλα στην παραλία της Καραβόπετρας, που έχει εκπληκτική θέα στη Σητεία. Θεωρείται ότι αποτελεί την αρχαία πόλη της Σητείας, την Ητεία, που ήταν αρχικά επίνειο της Πραισού. Η πόλη ήκμασε τα Ελληνιστικά χρόνια (350πΧ-50πΧ).
Η εύφορη πεδιάδα και το απάνεμο λιμάνι του Μακρύγιαλου ήταν ιδανική τοποθεσία για την κατοίκηση τους, ήδη από τα Μινωικά χρόνια. Ένα από τα λείψανα του παρελθόντος είναι η Ρωμαϊκή έπαυλη που ήρθε στο φως στο Κατωβίγλι το 1977, πάνω από το σημερινό λιμάνι του Μακρύγιαλου, από τον αρχαιολόγο Ν. Παπαδάκη.
Κοντά στην Εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης πάνω από το Λουτρό Σφακίων, έχουν εντοπιστεί ελάχιστα ίχνη από τα τείχη και μερικά κτίρια της Αρχαίας Ανώπολης. Η Ανώπολη ήταν ανεξάρτητη πόλη και είχε δικό της νόμισμα.
Πάνω από την παραλία του Γεροντόλακκου, στη θέση Φαρμακοκέφαλο, έχουν βρεθεί τα ερείπια της Ελληνιστικής πόλης Άμπελος. Οι ανασκαφές του 1984 από τον αρχαιολόγο Π. Παπαδάκη αποκάλυψε μια πόλη με ισχυρό τείχος, σπίτια και δρόμους.
Στην κορυφή του βραχώδους εξάρματος του Προφήτη Ηλία κοντά στο Σμάρι Πεδιάδος, σε υψόμετρο 590μ, βρίσκονται τα ερείπια ακρόπολης με ισχυρό οχυρωματικό περίβολο. Το σημείο έχει πανοραμική θέα σε όλη την επαρχία Πεδιαδας κι επέβλεπε τις εύφορες πεδιάδες του Καστελίου και του Σμαρίου. Κατά την αρχαιολόγο Χατζή-Βαλλιάνου εδώ ήταν η πραγματική θέση της αρχαίας Λύττου που αναφέρεται στον Όμηρο. Η πόλη κατοικήθηκε από το 1800 π.Χ. ως το 630 π.Χ., πριν εγκαταλειφθεί από τους κατοίκους της.
Η αρχαία πόλη Φαλάννα εντοπίζεται στη θέση που βρίσκεται σήμερα ο εγκαταλελειμμένος οικισμός Ονιθέ, όπου καταλαμβάνει μεγάλο πλάτωμα σε φυσικά οχυρωμένο σημείο. Η πρώτη χρήση του χώρου τοποθετείται στη Νεολιθική Εποχή, αλλά η πόλη άνθισε κατά τους αρχαϊκούς χρόνους (7-6ος αιώνας π.Χ.). Η Φαλάννα ήταν μικρή πόλη εξαρτώμενη από τη Ρύθημνα.