Κατά τη Σκοτεινή Περίοδο, η διαβίωση σε τόσο δυσπρόσιτες περιοχές ήταν τόσο σκληρή, που σε λίγους αιώνες οι οικισμοί αυτοί ήταν λογικό να παρακμάσουν και να χαθούν. Την ίδια περίοδο, οι Αχαιοί και οι Δωριείς άνοιξαν το δρόμο για την άνθιση του Κλασσικού Ελληνισμού. Εισήχθησαν νέα έθιμα, όπως η χρήση σιδήρου, η καύση των νεκρών και νέοι τρόποι ένδυσης. Η «εκατόπολη» Κρήτη του Ομήρου, άρχισε σιγά σιγά να επανέρχεται στο προσκήνιο, η Κνωσός ισχυροποιείται διοικητικά και αναπτύσσονται νέες εντυπωσιακές πόλεις, όπως η Ιεράπυτνα, η Ίτανος κοντά στο Βάι, η Αξός στην επαρχία Μυλοποτάμου, η Πραισός, η Σίβρυτος, η Δρήρος, η Ριζηνία, ο Τρυπητός, και πολλές άλλες.
Μετά την κατάληψη της Κρήτης από τους Ρωμαίους, το 69 μ.Χ., πρωτεύουσα του νησιού ορίστηκε η Γόρτυνα, η οποία μάλιστα εξελίχτηκε σε πρωτεύουσα των ρωμαϊκών επαρχιών της Κρήτης και της Κυρηναίας. Η πόλη, όπως μπορεί να δει ακόμη και σήμερα ο επισκέπτης, είχε επιβλητικά συγκροτήματα λουτρών, θέατρα, στάδιο, ιππόδρομο, ακρόπολη και ναούς ενώ λιμάνια της ήταν τα Μάταλα, η Λασαία και η Λεβήνα στο Λέντα. Εκτός από τη Γόρτυνα, πολλές άλλες πόλεις γνώρισαν άνθιση, με τις πιο εντυπωσιακές αρχαιολογικές τοποθεσίες να είναι σήμερα η Ελεύθερνα, η καλά οχυρωμένη Πολυρρήνια, η Ιεράπυτνα, η Λύττος, η Έλυρος, η Άπτερα, η Λάππα, η Ολούς, η Λατώ και η Πριανσός.
Με την ίδρυση κρητικών αποικιών στη Σικελία, στη Μασσαλία και στην Κυρήνη τον 7ο αιώνα π.Χ., το εμπόριο άνθισε ξανά και πολλά λιμάνια ξεπέρασαν σε ισχύ τις πόλεις που εξυπηρετούσαν ως επίνεια. Λιμάνια που μετεξελίχθηκαν τότε σε σημαντικές πόλεις ήταν η Φαλάσαρνα, η Λισσός, η Χερρόνησος, η Λατώ προς Καμάρα (σημερινός Άγιος Νικόλαος), η Ίνατος στον Τσούτσουρα και άλλα.
Η Άφιξη του Χριστιανισμού
Στο ταξίδι του προς τη Ρώμη, ο Άγιος Παύλος σταμάτησε στην Κρήτη και διακήρυξε τον Χριστιανισμό, ανάβοντας τη φλόγα μιας αιωνόβιας ασκητικής παράδοσης, σημάδια της οποίας συναντάμε και σήμερα στα ερημητήρια των Αστερουσίων. Περιοχές από όπου σύμφωνα με την παράδοση πέρασε ο Άγιος Παύλος και ο Όσιος Ιωάννης ο Ξένος, μετατράπηκαν γρήγορα σε ζωντανές ασκητικές κοινότητες. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν ακόμη και σήμερα τα ιερά ερημητήρια των Αστερουσίων και του Ακρωτηρίου Χανίων.
Το νησί έγινε ένα σπουδαίο χριστιανικό κέντρο, όπως αποτυπώνεται στα εκατοντάδες θρησκευτικά μνημεία, που είναι διάσπαρτα παντού. Οι παλαιοί ναοί του Δωδεκάθεου μετατράπηκαν σε μεγαλοπρεπείς βασιλικές και τα ιερά σπήλαια έγιναν εκκλησίες. Λείψανα των παλαιοχριστιανικών βασιλικών, που ακόμη και σήμερα προκαλούν δέος για το μέγεθός τους, συναντά κανείς διάσπαρτα σε όλο το νησί. Εκτός από τη μεγαλειώδη βασιλική του Αγίου Τίτου στη Μητρόπολη, σώζονται ίχνη ανάλογων θρησκευτικών μνημείων στη Χερσόνησο, στο Φραγκοκάστελο, στην Ελούντα, στην Αλμυρίδα, στο Πάνορμο, στα Γουλεδιανά, στη Σούγια, στην Ελεύθερνα και αλλού.
Ιερό Αφροδίτης στα Λενικά 
Το μικρό αρχαίο Αφροδίσιον ιερό βρίσκεται κοντά στον οικισμό Λενικά και χρονολογείται στον 10πΧ αιώνα. Στην ίδια θέση ιδρύθηκε τον 2ο π.Χ. αιώνα μεγάλος δίχωρος ναός του Άρεως και της Αφροδίτης, όπως μαρτυρούν επιγραφές που βρέθηκαν εδώ.
Στο ακρωτήριο Σούδα, δίπλα στο εικονοστάσι στην παραλία της Αγίας Πελαγίας και ακριβώς από πάνω του σήμερα βλέπουμε μερικά ίχνη από ανασκαφές που έγιναν στο χώρο από τον Στυλιανό Αλεξίου. Στο σημείο αυτό εντοπίστηκε το σημαντικότερο αρχαιολογικό εύρημα της περιοχής που είναι το Πρυτανείο-Ανδρείο της ελληνιστικής πόλης Απολλωνία.
Ο αρχαιολογικός χώρος του Τρυπητού βρίσκεται πάνω σε μικρή χερσόνησο, 3km ανατολικά της Σητείας, δίπλα στην παραλία της Καραβόπετρας, που έχει εκπληκτική θέα στη Σητεία. Θεωρείται ότι αποτελεί την αρχαία πόλη της Σητείας, την Ητεία, που ήταν αρχικά επίνειο της Πραισού. Η πόλη ήκμασε τα Ελληνιστικά χρόνια (350πΧ-50πΧ).
Η εύφορη πεδιάδα και το απάνεμο λιμάνι του Μακρύγιαλου ήταν ιδανική τοποθεσία για την κατοίκηση τους, ήδη από τα Μινωικά χρόνια. Ένα από τα λείψανα του παρελθόντος είναι η Ρωμαϊκή έπαυλη που ήρθε στο φως στο Κατωβίγλι το 1977, πάνω από το σημερινό λιμάνι του Μακρύγιαλου, από τον αρχαιολόγο Ν. Παπαδάκη.
Κοντά στην Εκκλησία της Αγίας Αικατερίνης πάνω από το Λουτρό Σφακίων, έχουν εντοπιστεί ελάχιστα ίχνη από τα τείχη και μερικά κτίρια της Αρχαίας Ανώπολης. Η Ανώπολη ήταν ανεξάρτητη πόλη και είχε δικό της νόμισμα.
Πάνω από την παραλία του Γεροντόλακκου, στη θέση Φαρμακοκέφαλο, έχουν βρεθεί τα ερείπια της Ελληνιστικής πόλης Άμπελος. Οι ανασκαφές του 1984 από τον αρχαιολόγο Π. Παπαδάκη αποκάλυψε μια πόλη με ισχυρό τείχος, σπίτια και δρόμους.
Ακρόπολη Σμαρίου 
Στην κορυφή του βραχώδους εξάρματος του Προφήτη Ηλία κοντά στο Σμάρι Πεδιάδος, σε υψόμετρο 590μ, βρίσκονται τα ερείπια ακρόπολης με ισχυρό οχυρωματικό περίβολο. Το σημείο έχει πανοραμική θέα σε όλη την επαρχία Πεδιαδας κι επέβλεπε τις εύφορες πεδιάδες του Καστελίου και του Σμαρίου. Κατά την αρχαιολόγο Χατζή-Βαλλιάνου εδώ ήταν η πραγματική θέση της αρχαίας Λύττου που αναφέρεται στον Όμηρο. Η πόλη κατοικήθηκε από το 1800 π.Χ. ως το 630 π.Χ., πριν εγκαταλειφθεί από τους κατοίκους της.
Η αρχαία πόλη Φαλάννα εντοπίζεται στη θέση που βρίσκεται σήμερα ο εγκαταλελειμμένος οικισμός Ονιθέ, όπου καταλαμβάνει μεγάλο πλάτωμα σε φυσικά οχυρωμένο σημείο. Η πρώτη χρήση του χώρου τοποθετείται στη Νεολιθική Εποχή, αλλά η πόλη άνθισε κατά τους αρχαϊκούς χρόνους (7-6ος αιώνας π.Χ.). Η Φαλάννα ήταν μικρή πόλη εξαρτώμενη από τη Ρύθημνα.
